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Comptabilité auto-entrepreneur : ce qu'il faut savoir

Mise à jour le 15 avril 2025 • Comptabilité

Comptabilité auto-entrepreneur : ce qu'il faut savoir

La vie d'auto-entrepreneur présente à la fois des avantages et des défis. L'indépendance, la capacité de gérer son emploi du temps et l'opportunité de suivre sa passion sont quelques-uns des attraits majeurs. Mais avec cette liberté vient la responsabilité, et l'une des plus importantes est la comptabilité. Bien que cette dernière soit relativement allégée, le micro-entrepreneur doit tout de même se soumettre à des obligations comptables. Déclaration de chiffre d’affaires, facturation, livre des recettes… plongeons-nous dans le monde de la comptabilité en micro entreprise.

Herve

Hervé Gaborieau

Expert Finance

Forme de séparation

Quelles sont les obligations comptables pour les auto-entreprises ?

Le statut de micro-entreprise a l’avantage de bénéficier d’une réglementation et d’obligations comptables simplifiées. Ce type d’entreprise est en effet dispensé de présenter des documents comptables comme le livre des comptes, le bilan comptable ou encore le compte de résultats

Malgré sa simplicité, la comptabilité de l’auto-entrepreneur est assortie de certaines exigences :

  • Déclaration du chiffre d’affaires ;

  • Tenue de registres obligatoires (livre des recettes et registre des achats dans certains cas) ;

  • Établissement de factures conformes ;

  • Conservation des justificatifs pendant 10 ans ;

  • Ouverture d’un compte bancaire professionnel à partir d’un certain seuil

Quelle est la différence entre auto-entreprise et micro-entreprise ?

Il n’y a aucune différence entre le statut de la micro-entreprise et celui de l’auto-entrepreneur. Depuis 2016, ces deux termes ont fusionné. Le terme « auto-entreprise » est toujours très utilisé, mais seule la notion de « micro-entreprise » est légalement reconnue en France aujourd’hui. 

La déclaration du chiffre d’affaires en micro-entreprise 

Le micro-entrepreneur doit obligatoirement déclarer son chiffre d’affaires (CA) à l’URSSAF chaque mois ou chaque trimestre, selon l’option choisie lors du démarrage de son activité. La déclaration est réalisée en ligne sur le site autoentrepreneur.urssaf.fr ou l'application Auto Entrepreneur Urssaf.  

Le chiffre d'affaires à déclarer est la somme brute des ventes et des prestations réalisées sur la période concernée, correspondant aux factures encaissées. Cette obligation s’applique même lorsque le chiffre d’affaires est de 0. Il s'agit par ailleurs toujours du chiffre d'affaires hors taxes, qui n'inclut donc pas les déclarations de TVA.

L’auto-entrepreneur ne peut pas déduire ses charges (achat de matériel, frais kilométriques, frais téléphoniques, d’électricité, etc.).

Attention ! 

Un oubli de déclaration de chiffre d’affaires ou de recettes avant l’échéance entraîne une pénalité de 58,90 €. Il est possible de régulariser sa situation en fin d’année, mais négliger cette démarche conduit à une taxation d’office sur une base majorée. Cette taxation peut entraîner la perte du régime de la micro-entreprise.

Les registres obligatoires pour les auto-entreprises 

L’entrepreneur en régime d’auto-entreprise doit s’assurer de la bonne tenue des registres comptables. Il doit en effet tenir un livre-journal des recettes et, suivant son activité, tenir un registre des achats

Le livre des recettes

Le livre des recettes encaissées est un document comptable, non modifiable, retraçant chronologiquement le montant et l’origine des recettes perçues. Il est recommandé de se baser sur ce livre pour effectuer la déclaration de CA. 

Le livre des recettes se présente sous la forme d’un tableau de 6 colonnes comportant les mentions obligatoires suivantes : 

  • La date d’encaissement de chaque opération ;

  • La référence des justificatifs de la transaction (facture, reçu, note,…) ;

  • Le nom du client (ou du patient) ;

  • La nature de la prestation ;

  • Le montant de la recette ;

  • Le mode de règlement (virement bancaire, chèque, espèces)

Les recettes doivent être totalisées tous les trois mois. 

Bon à savoir

Cette obligation concerne les auto-entrepreneurs artisans, libéraux et commerçants. Il n’y a pas de sanction en cas de non-tenue du livre des recettes. Néanmoins, la production de fausses informations et leur usage à des fins illégales sont passibles d'une sanction pénale pouvant aller jusqu'à 3 ans d'emprisonnement et 45 000 € d'amende. 

Le registre des achats 

Si tous les auto-entrepreneurs ont l’obligation de produire un livre des recettes, seules certaines activités nécessitent également la tenue d’un registre des achats (article L123-28 du Code du commerce). Cela concerne :

  • Les commerçants vendant des marchandises, des fournitures ou des denrées alimentaires ;

  • Les fournisseurs de prestations d’hébergement

Le registre des achats est complémentaire au livre des recettes et permet de renseigner de manière chronologique l’ensemble des achats professionnels effectués au cours d’une année civile. 

Il se présente aussi sous la forme d’un tableau de 6 colonnes et doit mentionner :

  • La date de l’achat ;

  • La référence de l’achat (numéro de facture) ;

  • L’identité du fournisseur ;

  • La nature de la dépense (produit ou prestation) ;

  • Le prix TTC de l’achat ;

  • Le mode de règlement (virement, carte bancaire, chèque, espèces)

À noter

Ces registres comptables peuvent être tenus sur un support papier ou électronique. Ils doivent être conservés pendant 10 ans à partir de la clôture de l’exercice comptable auquel les informations appartiennent.  

La facture en auto-entreprise 

La comptabilité auto entrepreneur implique aussi de fournir une facture à chaque client professionnel pour toute vente ou prestation de services effectuée. 

Toute facture émise par un micro-entrepreneur doit contenir des mentions obligatoires : 

  • La date de l’émission de la facture ;

  • La numérotation de la facture, attribuée chronologiquement ;

  • La date de la vente ou de la prestation ;

  • L’identité du client ou de l’acheteur (nom et adresse) ;

  • L’identité du vendeur ou du prestataire de services (nom, prénom, adresse) ;

  • La mention « EI » ou « Entrepreneur Individuel » ;

  • Le numéro SIREN du micro-entrepreneur ;

  • La description détaillée des produits ou des services (quantité, prix unitaire hors taxes) ;

  • Le montant total (HT et TTC si applicable) 

  • La mention « TVA non applicable, article 293 B du CGI », dans le cas d’un bénéfice de la franchise en base de TVA

Bon à savoir

Les micro-entreprises sont concernées par la réforme de la facturation électronique ! Les entrepreneurs individuels devront être en capacité de recevoir des factures sous-format électronique dès le 1er septembre 2026 et d’en émettre à compter du 1er septembre 2027.

Auto-entreprise : comment tenir sa comptabilité 

La comptabilité en micro entreprise est simplifiée, mais elle requiert de veiller à fournir des documents clairs et organisés, de conserver les justificatifs de chaque transaction ainsi que ses registres comptables dans un endroit sécurisé et d’avoir des copies des documents comptables. 

Plusieurs solutions s’offrent à l’auto-entrepreneur pour gérer sa comptabilité : l’utilisation d’un logiciel de comptabilité, un simple tableau Excel ou encore l’accompagnement d’un expert-comptable. Chacune de ces méthodes a ses avantages et ses inconvénients, que nous allons détailler.

1. Les logiciels de comptabilité 

Les logiciels de comptabilité sont conçus pour faciliter la gestion financière des auto-entreprises en automatisant certaines tâches et en assurant une conformité avec la législation en vigueur. 

Avantages : 

  • Gain de temps grâce à l’automatisation des saisies

  • Conformité avec les obligations fiscales 

  • Génération automatique des documents comptables (livre des recettes, factures, etc.)

  • Intégration possible avec des outils bancaires 

Inconvénients : 

  • Coût de l’abonnement 

  • Nécessité de prise en main et d’adaptation à l’interface

Comment choisir son logiciel de comptabilité en auto-entreprise ?

Il existe de nombreux logiciels de comptabilité pour auto-entreprise sur le marché, aussi bien gratuits que payants. 

Voici quelques critères à prendre en compte pour le choix de son logiciel comptable :

  • Facilité d’utilisation : on privilégie un logiciel intuitif et ergonomique.  

  • Fonctionnalités adaptées : certains logiciels sont spécialement dédiés aux micro-entreprises. 

  • Automatisation des tâches : gestion des factures, exports comptables, synchronisation bancaire,…

  • Coût : faire le choix d’une solution adaptée à son budget. Attention, certains logiciels gratuits de comptabilité pour auto-entrepreneur ont des fonctionnalités limitées. 

  • Support client : un bon service d’assistance est précieux en cas de problème. 

2. Tenir sa comptabilité sur Excel

Effectuer un tableau Excel pour sa comptabilité d’auto-entrepreneur est une alternative économique aux logiciels comptables payants. Attention toutefois à ne pas soumettre vos documents comptables sous ce format, puisqu’il n’est pas reconnu par l’administration fiscale.

Avantages :

  • Solution gratuite ou peu coûteuse

  • Facilité d’utilisation 

  • Flexibilité totale dans l’organisation des données

Inconvénients :

  • Risque d’erreurs humaines (saisie manuelle)

  • Nécessite de bien structurer son fichier pour éviter la confusion

  • Peut devenir complexe à mesure que l’entreprise grandit 

3. Faire appel à un expert-comptable 

Certains micro-entrepreneurs préfèrent déléguer totalement leur comptabilité à un professionnel : un expert-comptable. 

Avantages :

  • Gain de temps considérable

  • Sécurisation et conformité des obligations fiscales

  • Conseils personnalisés en fonction de l’activité de la micro-entreprise

Inconvénients :

  • Coût plus élevé qu’un logiciel comptable ou Excel

  • Dépendance à un prestataire externe

Pennylane, un logiciel comptabilité adapté pour les auto-entrepreneurs 

Pennylane est une solution complète qui simplifie la gestion financière des auto-entrepreneurs.

Intégrations multiples

Le logiciel de comptabilité de Pennylane s’intègre aisément avec d’autres outils déjà utilisés par l’entrepreneur individuel. Cette compatibilité réduit la saisie manuelle et diminue le risque d’erreurs.

Une vision claire de la trésorerie

Grâce à ses tableaux de bord clairs et à ses rapports détaillés, Pennylane offre une vision précise de la trésorerie en temps réel, facilitant ainsi la gestion de l’activité de l’auto-entreprise.

Accompagnement personnalisé

Contrairement à de nombreux logiciels génériques, Pennylane propose un accompagnement dédié aux auto-entrepreneurs. De la configuration initiale à la gestion quotidienne, une équipe est disponible pour aider l’entrepreneur à optimiser sa comptabilité.

Comptabilité auto-entreprise : la FAQ

Combien coûte un expert-comptable pour un auto-entrepreneur ?

Le prix d’un expert-comptable pour auto-entrepreneur varie entre 30€ et 100€ HT par mois. Le coût comprend généralement la tenue des registres obligatoires, les déclarations fiscales de la micro-entreprise ou encore les déclarations de TVA lorsque l’entrepreneur ne bénéficie pas de la franchise en base de TVA. 

Dois-je faire une déclaration de TVA en tant qu’auto-entrepreneur ?

L’auto-entrepreneur bénéficie de la franchise en base de TVA qui l’exonère du paiement de la taxe. Toutefois, ce régime est soumis à certains seuils : 

ACTIVITÉ

SEUIL DE FRANCHISE

SEUIL MAJORÉ

Prestation de services

37 500 €

41 250 €

Activités commerciales et d’hébergement 

85 000 €

93 500 €

  • Si le CA se situe en dessous du seuil de franchise, l’auto-entrepreneur n’est pas tenu de facturer la TVA ; 

  • Si le CA se situe entre le seuil de franchise et le seuil majoré, le micro-entrepreneur est redevable de la TVA l’année suivante ; 

  • Si le CA dépasse le seuil majoré, l’entrepreneur doit facturer la TVA à compter de la date de dépassement du seuil.  

Le bilan comptable est-il obligatoire pour les auto-entreprises ?

Le bilan comptable n’est pas obligatoire pour les auto-entrepreneurs. Il permet cependant d’avoir une vision globale de sa situation financière, en distinguant les actifs (ce qu’il possède, tels que les liquidités, les équipements, les stocks, etc.) et les passifs (ce qu’il doit). La différence entre l’actif et le passif donne la valeur nette de l’entreprise. 

Est-il obligatoire d’avoir un compte professionnel en tant qu’auto-entrepreneur ?

Il n’est pas obligatoire d’ouvrir un compte professionnel pour exercer en tant qu’auto-entrepreneur. Un compte bancaire personnel peut suffire. Cependant, si le chiffre d’affaires annuel dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives, le micro-entrepreneur aura l'obligation de créer un compte bancaire dédié à son activité professionnelle. 

Même si le CA ne dépasse pas ce seuil, il est recommandé d’ouvrir un compte distinct pour la micro-entreprise afin de garantir une meilleure traçabilité des transactions liées à l’activité et de faciliter sa gestion financière. 

Est-il obligatoire d’avoir un comptable en micro-entreprise ?

En France, aucune loi n’impose aux travailleurs indépendants, dont les micro-entrepreneurs, de faire appel aux services d’un comptable ou d’un expert-comptable. Il est tout à fait possible pour un auto-entrepreneur d’effectuer sa comptabilité seul. 

Sources : 

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